El CIDIAT, inicialmente denominado Centro Interamericano de Desarrollo Integral de Aguas y Tierras, fue establecido mediante un acuerdo entre el Gobierno de Venezuela y la Secretaría General de la Organización de los Estados Americanos, OEA, firmado en Washington el 4 de febrero de 1965, adhiriéndose la Universidad de Los Andes, como Institución sede, el 16 del mismo mes.
Tal como lo establecía el Acuerdo, se inició en 1971, un proceso de transferencia al país sede, quedando el CIDIAT debidamente constituido el 19 de agosto de 1976, como una asociación civil del Estado, afiliada a la Universidad de Los Andes, con responsabilidad jurídica y patrimonio propio, de carácter interamericano, asumiendo el Ejecutivo Nacional sus responsabilidades por intermedio del antiguo Ministerio de Obras Públicas y del Ministerio de Agricultura y Cría, y luego, a partir del 1º de abril de 1977 a través del Ministerio del Ambiente y de los Recursos Naturales Renovables.
Como un reconocimiento a su excelente trayectoria académica, el Consejo Nacional de Universidades (CNU) en su reunión ordinaria del 4 de julio de 1991, autorizó el funcionamiento del CIDIAT como un Centro de Estudios de Postgrado. Posteriormente, el CIDIAT queda integrado al sistema de Educación Superior Venezolano adscrito a la Universidad de Los Andes, carácter éste que consta en el Acta de la Reunión Ordinaria del CNU N° 288 del 30 de septiembre de 1994.
Finalmente, el Consejo Universitario de la Universidad de Los Andes en su sesión ordinaria del 5 de abril de 2000, aprobó la incorporación definitiva del CIDIAT a la estructura académico-administrativa de la ULA como una dependencia del Vicerrectorado Académico; decisión ésta, que fue ratificada por el Consejo Nacional de Universidades (CNU) en su reunión del 9 de junio de 2000.