El Directorio es el máximo organismo de dirección del CDCHTA, y está integrado por: El Vicerrector Académico como Presidente del cuerpo, el Coordinador General quien actúa como Secretario Ejecutivo del Directorio, y los miembros de las Comisiones Científica y Tecnológica y de Estudios Humanísticos y Sociales.
Este cuerpo se reúne de manera ordinaria, por lo menos una vez al mes y de manera extraordinaria cuando lo solicite el Presidente del organismo, el Coordinador General o los coordinadores de las comisiones integrantes del Directorio.
De acuerdo a la política de investigación institucional, el Directorio propondrá a los investigadores, áreas o temas de interés fundamental para la Universidad, la región y el país, y reservará los fondos necesarios para asegurar el financiamiento de los mismos.
Una vez aprobados los proyectos de investigación, se autoriza al Coordinador General para proceder a otorgar los fondos de manera expedita, para cuyos efectos se debe dejar constancia en acta firmada en la misma sesión por los integrantes del Directorio.